Una pena no haber sido de ayuda. Realmente no controlo mucho del tema de masas de Revit y geometrías de este tipo. No sé si ya lo has pensado, pero… ¿Modelar in situ un barrido en la intersección que haga las veces de perfil final?  (Para marcar la intersección y que sea una directriz seleccionable desde el 3d primero tienes que unir o cortar las esferas entre sí)

El problema es que para que los paneles adaptativos se te recorten automáticamente hasta la intersección y no la sobrepasen es crear los vacíos en cada burbuja. Podrías crear copias del conjunto de burbujas para luego hacer cada una con sus vacíos, pero es una trabajo muy pesado.  En principio no se me ocurre otra forma, a ver si alguien aporta otro enfoque que ya me pica la curiosidad…

Lo mejor es que cambies el diseño a unos muros y cubierta a 2 aguas   xD

Hola! Más que solución sería un apaño, pero a ver si te sirve. Podrías modificar la geometría de tu masa ya en origen y en lugar de la esfera completa, hacer una revolución del sector deseado. En este caso además, estando el círculo de intersección en un plano vertical es sencillo.

Hola! Se puede crear un plano de referencia vertical y utilizar la herramienta cortar.