Yo desde que empecé a usar Revit siempre he colocado la estructura 10 cm (o lo que estimes) por debajo del acabado y después modelado el acabado como suelo independiente. Facilita las cosas en mi opinión.
En rehabilitación no veo do de esta el problema en modelar la tabique ría a nivel general y en los cuartos húmedos modelar el alicatado donde precise, tanto el que se va a demoler como el que se va a colocar o incluso papeles. Para empezar es un muro que va a tener distinta altura al tabique. Es fácil, no tienes que andar con triquiñuelas y visualmente no hay inconveniente salvo el modelar, recortar o como prefieras hacer los pasos de puertas si al unir muros no te recorta bien la puerta o ventana.

No he trabajado mucho con capas, pero miraré tus videos, Iván porque de seguro es una opción válida.